黑枸杞的营养成分与枸杞中所含有的大致相同，如都含有碳水化合物、维生素、生物碱、黄酮、氨基酸以及一些人体所必需的微量元素。但一部分营养成分在黑枸杞与枸杞之间的含量有较大差异：①枸杞中含有的枸杞多糖含量为黑枸杞的两倍；②黑枸杞的甜菜碱含量比枸杞高约30%；③枸杞中含有大量的类胡萝卜素，而黑枸杞中几乎不含；④黑枸杞中含有的花青素（一种黄酮类色素）比枸杞高约10倍；⑤黑枸杞中维生素C、维生素B1、维生素B2含量高于枸杞。在微量元素含量方面，目前尚有争论，有研究认为黑枸杞中Mn、Zn的含量较低，但也有研究认为黑枸杞中Zn含量为枸杞的两倍。

值得注意的是，虽然黑枸杞中的花青素含量较高，不少商家也借此宣传，但是许多黑色、紫色的蔬果中也含有，例如:紫葡萄、黑加仑、蓝莓等。

虽然目前已有研究初步证实黑枸杞具有抗氧化、抗衰老、抗肿瘤、抗病毒、降血压等作用，但是许多研究仅仅处在初步动物或者细胞实验阶段，仍需要更深入、准确、精细的研究以及开发。应谨防商家的炒作导致功效夸大、价格虚高。